Num mundo pós-apocalíptico, o último assentamento humano remanescente no Japão é a cidade fortemente fortificada de Tóquio-3. Shinji Ikari, de catorze anos, é levado para a sede da NERV, uma organização clandestina liderada pelo seu pai distante, Gendou. Pede a Shinji que se torne piloto de um "Evangelion", um androide colossal construído para lutar contra criaturas alienígenas monstruosas e destrutivas conhecidas como "Anjos", que causam o caos no planeta e ameaçam a sobrevivência da restante raça humana. Embora inicialmente relutante, Shinji é influenciado pela ideia de se reconciliar com o seu pai e aceita ajudar a humanidade na perigosa empreitada contra a sua ameaça alienígena, como piloto da Unidade Evangelion-01. Lançado para o meio de um perigoso campo de batalha, Shinji tem de encontrar a coragem e a determinação necessárias para enfrentar as incursões dos Anjos antes que seja tarde demais.
